Nhằm đáp ứng nhu cầu lưu trữ hàng hóa phục vụ xuất nhập khẩu của các đối tác, khách hàng trên cả nước, cảng Chu Lai đã đầu tư phát triển hệ thống kho, bãi hiện đại với tổng diện tích gần 290.000 m2. Các kho được xây dựng đáp ứng tiêu chuẩn quốc tế, trang bị các thiết bị bảo quản, kiểm soát chặt chẽ tình trạng hàng hóa nhằm đảm bảo chất lượng, an toàn trong suốt quá trình lưu kho. Hàng hóa được lưu trữ ở khu vực riêng biệt phụ thuộc vào đặc trưng từng loại hàng, đội ngũ bốc xếp, xe nâng hạ, giúp quá trình lưu kho nhanh chóng, thuận tiện.

Sử dụng dịch vụ lưu kho tại cảng Chu Lai, khách hàng dễ dàng theo dõi tình trạng xuất nhập, tồn kho thông qua hệ thống phần mềm Smartlog và báo cáo định kỳ vào mỗi cuối tháng. Ngoài ra, doanh nghiệp có thể lưu trữ hàng hóa ngắn hạn hoặc dài hạn với đa dạng các mô hình như: kho chung, kho ghép, kho tự quản… Hệ thống kho, bãi nằm trong cảng Chu Lai tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp xuất khẩu hàng hóa, tiết kiệm tối đa chi phí vận chuyển, nâng cao năng lực cạnh tranh.